Rappresenta il più alto ed ampio momento di partecipazione delle cooperative associate alla vita dell'organizzazione.

L'Assemblea regionale è costituita dagli Enti aderenti, dai rappresentanti designati dagli Enti aderenti a carattere regionale e subregionale censiti nei ruoli regionali e, senza diritto di voto se non in quanto delegati degli Enti aderenti, dai Presidenti delle Unioni territoriali e delle Federazioni regionali o loro delegati.

In tale sede, che diviene anche importante occasione di confronto con le istituzioni e le altre realtà imprenditoriali e sociali, vengono stabiliti gli indirizzi generali di politica cooperativa sui quali Confcooperative Emilia Romagna è poi chiamata ad orientare il proprio lavoro.

Ogni quattro anni procede all'elezione diretta del Presidente ed alla nomina dei componenti il Consiglio regionale dell'organizzazione.

Per la valutazione dello stato dell'organizzazione, l'approfondimento di tematiche di particolare rilevanza per il sistema cooperativo e l'esame dell'andamento del sistema rappresentato dall'organizzazione, l'Assemblea può essere convocata annualmente, ma in tal caso senza procedere al rinnovo di organi di governo.

Francesco Milza

Rappresenta Confcooperative Emilia Romagna, ha la firma sociale e presiede il Consiglio regionale ed il Consiglio di presidenza.

Cura tutti i rapporti con l'esterno e, in particolare, quelli con le pubbliche amministrazioni e con le organizzazioni economiche e sindacali della regione; può delegare ad uno o più vicepresidenti talune delle sue funzioni.

Stabilisce gli indirizzi generali, fissa i programmi politici ed operativi dell'organizzazione nell'ambito e nei limiti delle direttive fissate dall'Assemblea regionale.

Annualmente approva il bilancio consuntivo e preventivo di Confcooperative, determinandone inoltre il budget di spesa complessiva consentito per delega al Presidente ed al Consiglio di Presidenza; nella riunione di insediamento procede all'elezione di uno o più vicepresidenti e dei componenti il Consiglio di presidenza.

Il Consiglio regionale è composto dal Presidente di Confcooperative Emilia Romagna, da un numero minimo di 30 ad un numero massimo di 90 componenti eletti dall'Assemblea regionale.

Partecipano senza diritto di voto, qualora non ne facciano già parte ad altro titolo, i Presidenti delle Confcooperative territoriali, delle Federazioni regionali o loro delegati, il Direttore della Confcooperative regionale, e se nominato il Segretario Generale, il Rappresentante della Federazione Regionale dei Giovani Cooperatori e la Rappresentante regionale della Commissione delle Dirigenti Cooperatrici dell'Emilia Romagna.

Cura la gestione e l'amministrazione della Confcooperative Emilia Romagna nell'ambito delle direttive fissate dal Consiglio regionale, alla cui approvazione sottopone i rendiconti preventivi e consuntivi.

Designa rappresentanti e nomina delegati in enti, commissioni ed altri organismi in cui l'organizzazione ha assunto partecipazioni o dei quali fa parte nell'ambito dei suoi compiti istituzionali di sindacato dell'impresa cooperativa.

Delibera inoltre in materia di adesioni o recessi ed esclusioni degli enti e delle società di servizio a carattere regionale.

Il Consiglio di Presidenza è composto  da un numero minimo di 5 ad un massimo di 15 componenti, compresi il Presidente ed i Vicepresidenti, eletti dal Consiglio regionale.

È composto da tre membri effettivi e da due supplenti eletti al di fuori dei suoi componenti dall'Assemblea regionale.

Esercita il controllo sulla gestione finanziaria e sulla contabilità nonché sul bilancio da sottoporre al Consiglio regionale.

Al Direttore spetta collaborare con il Presidente per dare esecuzione a tutte le deliberazioni dell'Assemblea, del Consiglo regionale e del Consiglio di Presidenza. Coordina l'assistenza agli aderenti, propone l'assunzione del personale e dirige l'attività degli uffici della Confcooperative Emilia Romagna.

Il Direttore partecipa senza diritto di voto alle riunioni del Consiglio di Presidenza e del Consiglio Regionale.